[r] R : rJava 패키지 설치 실패

Program / 글쓴이

install.packages("rJava")명령을 사용하여 rJava를 설치할 때 다음 오류가 발생합니다.

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

Java JDK가 설치되어 있고 java -version다음을 반환합니다.

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

오류를 검색 할 때 다른 사람들이 동일한 문제를 겪고 있지만 내가 한 “JRE뿐만 아니라 전체 JDK를 설치”하는 것 외에 다른 해결책을 찾지 못하는 것을 알 수 있습니다.

내가 읽은 또 다른 것은 sudo R CMD javareconf오류없이 아주 행복하게 실행 되는 실행 이었습니다 .

내 문제가 무엇인지 아이디어가 있습니까?

[[편집]]
이 문제가 발생한 지 몇 달이 지났습니다. 아래에 게시 한 답변에 설명 된대로 Java 경로를 편집하여 처음에이 문제를 해결했습니다. 최근에 새로운 Ubuntu 설치에서 동일한 문제가 발생했습니다. apt-get을 사용하여 rJava 패키지를 설치하라는 Dirk의 권장 사항을 시도했습니다. 완벽하게 작동했습니다. 처음에 내가 인식하지 못한 점은 Ubuntu apt-get 메소드를 사용하여 패키지를 설치하는 것이 R 내부에서 install.packages ()를 사용하여 동일한 패키지를로드하는 것과 근본적으로 다르다는 것입니다. Ubuntu 패키지는 내가 깨닫지 못하거나 감사하지 않은 몇 가지 문제를 해결합니다. .

답변

하지 않을 

apt-get install r-cran-rjava

더 쉬웠습니까? useR 에서 저에게 물었을 수도 있습니다 ! 🙂

답변

내 문제는 내 JAVA_HOME환경 변수의 문제였습니다 . 예, 충격적입니다. 내 초기에 설정 PATH하고 JAVA_HOME다음과 같이 보았다 :

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

그리고 /jre이제 다음과 같이 추가 했습니다.

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Java의 모든 것이 제대로 작동하는 것처럼 보였지만 /jrerJava는 그렇지 않습니다. 이상한.

답변

감사합니다-에 대한 귀하의 제안은 $JAVA_HOME저를 비슷한 해결책으로 안내합니다.

prompt$ unset JAVA_HOME

R을 호출하기 전에.

답변

동일한 문제가 발생했으며 아래 명령을 실행 한 후에 작동했습니다.

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html 에서 세부 사항을 참조하십시오
.

답변

그것이 내가 작동하는 방법입니다.

Linux (Ubuntu 16.04)

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

R에서 :

install.packages("rJava")

답변

이것은 Ubuntu 12.04 및 R 버전 3.0에서 저에게 효과적이었습니다.

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

이것은 jni.h가있는 디렉토리입니다.

다음으로 다른 필수 헤더 파일에 대한 소프트 링크를 만듭니다 (아래 JAVA_CPPFLAGS 옵션에 둘 이상의 디렉토리를 포함하는 방법을 찾기에는 너무 게으름) :

sudo ln -s linux/jni_md.h .

드디어

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

답변

아래는 다른 게시물에 대한 내 답변 중 하나입니다- 오류 : 지금 설치된 패키지를로드 할 수 없습니다
(이 질문과도 관련이 있습니다).

Linux (Ubuntu) 사용자 : oracle-java (7/8)가 설치되어있는 경우. 이 위치에 /usr/lib/jvm있으며 sudo액세스가 필요합니다.

/etc/ld.so.conf.d/java.conf다음 항목을 사용 하여 파일 을 만듭니다 .

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

(Java 버전에 따라 java-8-oracle을 java-7-oracle로 대체하십시오)

그때:

sudo ldconfig

RStudio를 다시 시작한 다음 rJava 패키지를 설치합니다.