[command-line] R 스크립트에서 명령 행 매개 변수를 읽으려면 어떻게해야합니까?

여기 Dirk의 대답 은 필요한 모든 것입니다. 최소한의 재현 가능한 예가 있습니다.

두 개의 파일을 만들었습니다 : exmpl.bat및 exmpl.R.

• exmpl.bat:

  set R_Script="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"
  %R_Script% exmpl.R 2010-01-28 example 100 > exmpl.batch 2>&1

  또는 다음을 사용하십시오 Rterm.exe.

  set R_TERM="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\i386\Rterm.exe"
  %R_TERM% --no-restore --no-save --args 2010-01-28 example 100 < exmpl.R > exmpl.batch 2>&1

• exmpl.R:

  options(echo=TRUE) # if you want see commands in output file
  args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
  print(args)
  # trailingOnly=TRUE means that only your arguments are returned, check:
  # print(commandArgs(trailingOnly=FALSE))
  
  start_date <- as.Date(args[1])
  name <- args[2]
  n <- as.integer(args[3])
  rm(args)
  
  # Some computations:
  x <- rnorm(n)
  png(paste(name,".png",sep=""))
  plot(start_date+(1L:n), x)
  dev.off()
  
  summary(x)

두 파일을 모두 같은 디렉토리에 저장하고 시작하십시오 exmpl.bat. 결과는 다음과 같습니다.

• example.png 약간의 음모와 함께
• exmpl.batch 다 끝났어

환경 변수를 추가 할 수도 있습니다 %R_Script%.

"C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"

배치 스크립트에서 다음과 같이 사용하십시오. %R_Script% <filename.r> <arguments>

간의 차이점 RScript과 Rterm:

• Rscript 더 간단한 구문이 있습니다
• Rscriptx64에서 자동으로 아키텍처를 선택합니다 (자세한 내용은 R 설치 ​​및 관리, 2.6 하위 아키텍처 참조)
• Rscriptoptions(echo=TRUE)명령을 출력 파일에 쓰려면 .R 파일에 필요

답변

args<-commandArgs(TRUE)

Rscript myscript.R arg1 arg2 arg3

spec <- matrix(c(
        'in'     , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)",
        'gc'     , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)",
        'out'    , 'o', 1, "character", "output filename (optional)",
        'help'   , 'h', 0, "logical",   "this help"
),ncol=5,byrow=T)

opt = getopt(spec);

if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) {
    cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n"));
    q();
}

library(optparse)

option_list <- list(
  make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
    help="Count the line numbers [default]"),
  make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
    help="Multiply output by this number [default %default]")
)

parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)

args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args

if(opt$count_lines) {
  print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}

Usage: script.R [options] file


Options:
        -n, --count_lines
                Count the line numbers [default]

        -f FACTOR, --factor=FACTOR
                Multiply output by this number [default 3]

        -h, --help
                Show this help message and exit

$ z=10
$ echo $z
10
$ Rscript -e "args<-commandArgs(TRUE);x=args[1]:args[2];x;mean(x);sd(x)" 1 $z
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
[1] 5.5
[1] 3.027650
$